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朱由樺得到消息后，果斷又派了一萬四千御營新軍，急行軍前往江北協助平叛，這下月前剛成軍的兩萬御營新軍全被派到了江北，朱由樺就想借著平叛的機會，好好鍛煉一下這些新兵，也算是抗韃前的預熱了。

南京只留了一個拱圣營，約四千步卒精銳，外加一萬水師和六萬京營守衛。

短短不到十天，三路討伐大軍先后凱旋而歸，三地亂兵突失主將，號令混亂，形同無頭蒼蠅，討伐大軍又以泰山壓頂之勢開到，亂兵們慌亂之中根本沒有時間推選新的足以服眾的首領。

臨陣倒戈者不在少數，輕輕松松就攻下了淮安、臨淮等地城池，剩下的死硬分子也在巷戰中被討伐大軍輕易擊敗，不但將三鎮兵馬擊垮、主帥私庫中囤積的四多百萬兩金銀和四十幾萬石粗細糧食也被清理收回，而且將三地五六萬私兵就地整編。

朱由樺擔心黃得功、高杰等人對這件事心有芥蒂，與朝廷產生隔閡，只圖自保，不肯再盡心效力，思慮再三，決定親自前往揚州，好好安撫一下這兩員虎將的心，做好他們的思想工作。

軟禁中的黃、高二人覺得朝廷不信任他們，心下本一肚子怨氣，沒想到皇帝陛下竟然親自前來揚州面見他們，心下頗有些受寵若驚。

等見到黃、高諸人后，朱由樺把三鎮通敵的細節經過一番文學加工后，一一講給了他們聽，因為內容大體是事實，邏輯上沒什么漏洞，黃、高二人至此內心終于有些相信了。

朱由樺聲淚俱下，言辭間對三鎮的叛國行為十分心痛，講述了他內心的糾葛和為難，頗有揮淚斬馬謖的意思。

黃、高二人至此怨氣全消，表示理解朝廷的難處，會努力殺韃，報效朝廷。

皇帝是九五至尊，不管做了什么，原本都沒有必要向他們解釋什么的，之所以還親自過來，推心置腹的解釋，正是因為信重他們啊，黃、高二人不傻，只要圣眷還在，他們就不再擔心前途命運了。

君臣的芥蒂解除后，黃、高二人及麾下一干總兵、副將重獲了自由，他們紛紛配合堵胤錫整編三鎮亂兵，而通過查抄藩鎮私庫，揚州府庫瞬間充盈起來，還有大量余錢輸往南京，援濟其他省份。

有兩三萬御營親軍和左部數萬降軍在，還有查抄到的數百萬兩的錢糧做后盾，堵胤錫有足夠的信心彈壓住亂兵，對于黃、高二部，足糧足餉之下，再整肅軍紀，重編行伍阻力也會小很多。朱由樺親自坐鎮江北，監督各鎮的整編工作。

江北大小六七鎮，號稱十六萬大軍，其中成分復雜，有難民一般的衛所軍，還有北方各省逃來的潰兵，還有大量的流民丁壯充斥其間，其中絕大部分都是湊數的，軍紀差，戰力弱。

鑒于這個現狀，精兵簡政、淘汰老弱兵痞勢在必行，一則為了提高軍隊戰力，二則可以減輕朝廷的財政負擔，朱由樺給堵胤錫定下了七萬實兵的兵額，其中黃、高二部各占兩萬五千兵額。其余各鎮合計兩萬兵額。