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淘汰老弱兵痞，留下精壯充實軍伍，超出七萬實兵的部分或給錢糧遣送回鄉，或編入屯田隊入廣西、云南等地屯墾，為軍隊提供軍糧，算是廢物利用了，廣西、云南現在人煙凋敝，地廣人稀，有的是地給他們開墾。

在原本的歷史上張獻忠在川北被清兵射殺后，孫可望與李定國等率大西軍余部南下攻占云貴一帶，屯田練兵三年，兵力狂增數倍，這才有了與清兵決戰的資本，有了兩蹶名王的輝煌。

通過整編，劉澤清、劉良佐、許定國等部直接縮編到了三四千到七八千人不等，每個營頭都安插了大量御營老卒充作軍官，在平左之戰中立下重大功勛的御營軍將都得到了提拔。

黃得功和高杰部比較特殊，待遇不但沒有降低，反而每年各增餉二十萬兩，不過有得到也必然將有付出，朝廷向其軍派了兩個督軍使和兩個鎮撫使，專司負責軍紀整頓和后勤轉運，及所部千余輔兵，督兵。

其中入了黃得功部的督軍使為原長江水師營督軍使張家玉、入了高杰部的督軍使為原忠武鎮督軍使陳邦彥，兩人的官銜不變，屬于平調性質，他們要能力有能力，要魄力有魄力，兩鎮有他們監督，將極大增強朝廷對這個強藩的控制力，兩鎮以后再想為所欲為，難矣。

對于其他可以整編的大小藩鎮，朝廷就整頓的非常徹底了，所有原鎮總兵副將的親信部屬不是被處決就是被調離了，取而代之的是大量御營忠武鎮將校。

原忠武鎮甲營游擊、馬雄副手劉承俊升參將，負責統帶許定國的四千余部，移鎮揚州，歸堵胤錫直接轄制。

忠武鎮乙營游擊、閻應元副手陳明遇升參將，負責統帶劉良佐余部六千余人；移鎮淮安。

忠武鎮乙營游擊騎將李三石，功勛著著，連升兩級，為副將，負責統帶劉澤清余部一萬余人。移鎮滁州、和州。

而原來駐守在三省樞紐之地——徐州的高杰部則移鎮河南歸德府。

原來駐守在滁州、和州一帶的黃得功部，則移鎮徐州。

通過移鎮、摻沙子和整編軍伍、卡后勤糧餉等等手段，極大的加強了朝廷對江北四鎮余部的控制力，并提升了軍隊的凝聚力。

而且一旦整編成功，朝廷將省下至少一半的軍餉和軍糧，七萬大軍的糧餉，軍械開銷，每年大概需要花費白銀一百余萬兩，糧米七十萬石，較原來一百五六十萬兩白銀少了許多。

在江北整編工作進行的如火如荼的時候，朱由樺也在京師對御營進行整編。加上成軍不久的兩萬御營新軍，此刻的御營總兵力突破了三萬大關！

朱由樺深深的知道，想要驅逐韃虜，收復中原，手中就必須要有一支真正忠于天子，忠于朝廷的嫡系軍隊，強干弱枝才能維護紀綱，保證中央集權的穩定。