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人類補完委員會召開緊急會議。

“EVA系列不可能天生就擁有的S2機關(guān)，竟然通過這種方式自己取得。”一個陰陽怪氣的聲音說道。

“劇本剛開始就出了偏差，碇，你要負責。”

“這個是意外情況，原因已經(jīng)查明，駕駛員被使徒之血污染導致初號機失控，具體報告我會在三天內(nèi)提交。”老碇辯解道。

“必須要對初號機做出限制，畢竟那是神的力量。”

“好好利用NERV吧，碇，不要讓我們失望。”基爾議長做出總結(jié)。

老碇離開后，委員會非常不滿。

“碇源渡，也許一開始把NERV交給他就是個錯誤。”

“可是沒有他一切計劃都無法實行。”

“我們得給他系上告警鈴鐺。”

……

老碇回到自己的辦公室，臉色陰沉無比。

“計劃太過提前了，要修正可不容易，應(yīng)付那幫老人不容易吧。”冬月道。

老碇扶了扶眼鏡，“沒關(guān)系，這本來就在計劃中，提前發(fā)生了而已，省了我很多功夫。一開始方向有誤比較容易糾正，總比進行到關(guān)鍵出錯好。沒想到他們研究了十幾年的S2機關(guān)，被初號機先得到了，對神的力量存在恐懼在所難免。”

現(xiàn)在初號機的狀態(tài)相當于一個沒有靈魂的使徒，只要置入人類駕駛員，就有了靈魂。相當于智慧之果與生命之果的融合，力量一旦爆發(fā)起來后果難料。

按照TV版與舊劇場版的劇情，人類補完計劃，分別由SEELE和碇元渡這兩條線在進行。并且進行過程中有互相交叉沖突的地方，比如說在對初號機的利用上，SEELE之前并未打算將初號機作為最后處刑的對象，之所以最后不得不使用初號機，是因為失去了原版朗槍的情況下已經(jīng)無法使用莉莉絲實施處刑，所以只能使用莉莉絲的“唯一分身”初號機。而另一方面，初號機是否能成為神對于碇元渡來說是至關(guān)重要的。于是在這個問題上雙方就有了必然的沖突。

SEELE的人類補完計劃是以死海文書為劇本來執(zhí)行的，上面記載并預言了所有關(guān)于使徒、亞當、莉莉絲、人類的來源以及未來。死海文書的預言部分，總體來說還算是靠譜的，畢竟上面說道了使徒的入侵，并且單從結(jié)果上來看，第三次沖擊的發(fā)生也被其言中。

然后結(jié)合SEELE這個團體本身的意志來看，該組織的實際地位與權(quán)利都高于聯(lián)合國，幕后操縱力強，能夠直接調(diào)用國際儲備，只要內(nèi)部達成一致，就無需再向外界征求意見。

SEELE在很久以前就已經(jīng)成立，在漫長的歷史進程中，老人們開始對自己所屬的人類產(chǎn)生蔑視情緒，在學習圣經(jīng)得知人類是帶著原罪出生后，這種情緒就更加強烈，為此他們嘗試人類的進一步進化，卻苦于沒有正確的引導與方案，此計劃暫時擱淺。而這就是SEELE本身的意志，任何組織一旦有了這種意志，它就會瘋狂地搜集能夠佐、引導、傳播它的意志的教科書，然后根據(jù)這個教科書去照本宣科。沒錯，在SEELE看來，死海文書就是再好不過的教科書。

死海文書之所以能被SEELE升格為綱領(lǐng)性文件，就是因為它那后半部分的預言，人類將被補完，集體回歸莉莉絲，之后就可以統(tǒng)一為一體，產(chǎn)生新的進化生命體。這種看似進化人類，實則滅亡地球論調(diào)，正好與SEELE的老人們的想法不謀而合，并且在上個世紀那個末世論橫行的年代，死海文書對SEELE那幫冥頑不化的老頭們來說簡直就是救命稻草，他們總算找到一處能使自己心安理得的避難所。

在此之后，SEELE忙不迭地制定人類補完計劃，緊接著又人為引發(fā)了第二次沖擊，之后一邊不惜巨資成立NERV及其配套設(shè)施（包括EVA零號機到伍號機），一邊催促碇源渡趕緊照他們的要求進行計劃的操作，他們就等著坐享其成，等著變成LCL，這就是他們所期盼的人類美好補完結(jié)局。

第二次沖擊是SEELE引導的，但在當時它是拯救了全人類的。如果它不通過發(fā)動第二次沖擊來使亞當胚胎化并且捕捉之，那么亞當就有被使徒搶先一步進行補完的可能，假如使徒補完成功，全人類就要面對被當作祭品的命運，人類全滅。然后通過第二次沖擊，SEELE付出了損失全球一半的人口的代價，卻保護了剩余的人類，同時將亞當復制，制造了EVA以對抗使徒。而且后來不斷擊殺使徒，在一定意義上也起到了保護人類的正面作用。