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面對許久不見的兒子，野性**娘，碇司令所說的只是：“坐上EVA。”真嗣子拒絕接受命令，但當她聽見有人說道：“想見你母親唯嗎？乘坐初號機，你就能見到她”深度戀母的她改變了自己的決定。

乘坐初號機后，碇唯在凌波妙的幫助下，早已掌控初號機，和女兒精神溝通，母女見面，百合花開（這只是某人的妄想而已）。

聰明的碇真嗣子將自身軀體交給母親掌控，以絕對實力將第三使徒撕成了塊，搶奪了生命果實，融入自身，之后擁有了無限能源，在也不用別后連著一個電線了，太羞恥了。

解決完使徒之后，回到基地的碇真嗣子死活不愿意從初號機內下來，最后無奈的某女將兩人的訂立了精神契約，從此一百里內，就能無間隔通話，隨時能感受到對方，再也不怕孩子丟了，這是碇唯的心聲，再也不怕和媽媽分開了，這是碇真嗣子的心聲。

成為百合的赤木母女和美里住在一起，過著沒羞沒造的生活，日日夜夜綻放百合花，看到碇真嗣子后，覺得她是一個百合預備役，決定拯救她出苦海，于是在一對不知道是父子還是母女冷漠的關系中，提出，讓這個可愛的少女去她那里住。

當天晚上，在三個高智商人的忽悠下，碇真嗣子被說服了，加入了百合神教，成為榮光純潔的百合女性，身上散發著百合寧靜的香氣。直白的說，就是少女被幾個成年女性推到，知道了百合的純潔美好，在早已經成為百合的母親的支持下，成為了一個百合，以便更好的和母親相處，真是純潔美好的愛啊。

為了防范使徒再襲，實際上，一個綾波麗就能將所有使徒滅掉，但是不放水，怎么讓碇唯和她女兒碇真嗣子見面呢。真嗣子進行著EVA的操作訓練，主要是享受和母親合而為一的幸福，一有空閑，一取得允許就去和母親合體。

同時也轉學到第三新東京市的學校就讀。上課時，老師講到第二次沖擊的歷史事件，同學們都在臺下偷偷的利用電腦網絡聊天，簡直是學渣的典范，在這個沒有未來的時代，即使一無所知的普通人也會這樣被這樣的氛圍感染，從而失去上進心。

真嗣子以她魔鬼般的身材，弱受般的氣質，再被套出是EVA駕駛員，立刻成為了班上最受歡迎的人，但同班的鈴原東治卻對她大打出手，卻被她一腳踹的胃出血，直接住院了。碇真嗣子在母親以及其他人的影響下，已經成為一個暴力百合，對女性特別溫柔，對男性特別暴力，某個男性沖了上來，所以他挨揍了，這一切都是他的錯，誰讓他不是女的，還敢對真嗣子出手。

他的妹妹在EVA與使徒的戰斗中受牽連而受傷，他因為攻擊EVA駕駛員而被自衛受傷，和EVA太有緣分了，兩人因為是親人，所以住在了同一家醫院的同一家病房里。同日，鈴原東治以攻擊軍隊成員的罪名，直接被綁在了病床上，堵住了嘴，蒙住了眼睛后，聽到碇真嗣子將他妹妹推到，兩個少女在醫院的病床上，綻放了純潔的百合花，三次之后，在外守門的美里前來換班，真嗣子出去看門，又一個少女加入了百合神教。

幾天后，第四使徒來襲，真嗣子融入初號機后，母女兩人將不廢吹灰之力的將第四使徒滅掉，奪去了第二個生命之果。

真嗣子的生活因為當了EVA的駕駛員而起了巨大的變化，比如，內心不在孤寂，隨時都有母親陪著，還是最深度的靈魂陪伴，身體素質得到大幅度的提升，戰斗力直線上升，意志力也跳躍式的進步，愛的力量有時候真的很偉大。

但在某些方面，她也反而受到遣責，被當成巨大的威脅。那些人都是嫉妒，都是敗犬的哀嚎，精神如同火焰一般的少女，根本不在意那些人，對于那些敢來騷擾的人，讓他們知道了什么叫做軍隊的武力。

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