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2000年9月13日，第二次浩劫發(fā)生。在南極大陸上發(fā)生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變，造成海面水位上升、地軸扭曲。如同恐龍滅絕的傳說，巨大的隕石撞擊地球之后灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經(jīng)濟崩壞、民族紛爭、內(nèi)戰(zhàn)……，世界人口急速減少，只剩下原來的一半。

南極，成為了寧靜的殘亡地域。人類，并未象恐龍那樣滅絕，但復興的工作，卻無比嚴峻。2001年，碇真嗣誕生，2002年，第一任綾波麗出生，被妙黯降生，改名為凌波妙，因為以黑暗容納了兩次浩劫慘死生靈的殘魂以及遺留的生命信息，導致自身黑暗神力無法動用，只能從新開始修煉痛苦篇章，電磁武學。

2002年，源堂和冬月為了調(diào)查第二次浩劫的起因前往南極。國聯(lián)正式發(fā)表公告，稱2000年9月13日的世界規(guī)模的大災害，是由于有超光速數(shù)倍的大質(zhì)量隕石，沖擊南極大陸所引致，其破害性相當于40億年前的地球與小行星的撞擊。現(xiàn)實畢竟難以掩蓋，在專家圈內(nèi)，流傳著一些保留下來的照片，在沖擊造成的光影中，有一個巨人般的影像。也有在南極等地的幸存者稱，在沖擊波浪的中心，有數(shù)對巨大的翅膀。因第二次浩劫受到驚嚇而陷入自閉狀態(tài)的美里，被國聯(lián)保護。

2003年，國聯(lián)完成了對南極的調(diào)查，根據(jù)調(diào)查結(jié)果設立了位于箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之后開始協(xié)助源堂。在人工進化研究所的地下有個廣大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用這個空洞而建造。此時，E計劃始動，零號機也開始建造了。

2004年，進行了EVA啟動實驗，在幼小的真嗣面前，發(fā)生了事故，真嗣的母親唯（此時的她已經(jīng)是半個百合了）在實驗中消失，拯救計劃失敗。也趁此機會真嗣變成了真嗣子，沒錯，被某個剛剛恢復自身能力的人，仗著高超的境界，將真嗣變成了女孩子真嗣子，為了防止她將來變成貧乳這種令人殘念的生物，做了一點手腳，讓其將來擁有第七階段的罩杯。自從唯的事件發(fā)生后，沒多久，源堂決定轉(zhuǎn)移實行《人類補完計劃》，為了表明決心，源堂將自身娘化為源堂子，成為一個野性**娘，中間有某人的功勞。

2005年，美里和律子在長野縣第2新東京市的第2東京大學內(nèi)相識，在某女的引導下，美里和律子成為百合，在地下空洞的上方，第3新東京市開始建設。

2008年，赤木博士完成了MAGI的基礎(chǔ)理論。跟隨著母親尚子，律子加入研究所，成為主要執(zhí)行人。

2009年，葛城美里加入研究所。

的中樞電腦MAGI完成的當日，開發(fā)者赤木尚子被凌波妙完全洗腦，成為資深百合，超級女兒控。人工進化研究所經(jīng)過改編，成為了新的秘密組織NERV。

2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣子在其父（娘化后的父親該怎么稱呼？）的面前逃離出走。自此以后一直到2015年真嗣子都未曾和源堂子見過一面。

2014年，第二個綾波麗（她的出現(xiàn)，是凌波妙洗腦了那個機構(gòu)大部分成員后的結(jié)果）轉(zhuǎn)學進入第3新東京市地壹中學校內(nèi)。綾波麗將凌波妙當作媽媽，成為一個資深母親控，此時的綾波麗不是短發(fā)，而是長發(fā)，白色的長發(fā)及腰，和母親一樣，在母親的輔助下，現(xiàn)在有了位于第五階段的罩杯，可以碾壓明日香了。

2015年，使徒襲來。從第二次浩后經(jīng)過了15年，人類總算能重新繁榮起來。EVA已有3臺可以實際使用了，而后也發(fā)現(xiàn)了三位14歲的少女可以擔任EVA的駕駛員（本來有少男的，但是娘化后的是真嗣子），人們不得不把未來的希望寄望在她們身上。面對重現(xiàn)的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少女們的戰(zhàn)爭開始了。（少女拯救世界，真贊。實際上，中央教條內(nèi)部有一萬個綾波麗存在，這是某人的杰作。）

此刻凌波妙電磁武學在痛苦篇章的輔助下，已經(jīng)踏入了六十萬匹，在高深境界的支持下，已經(jīng)能夠短時間內(nèi)掌控原子。女兒綾波麗的痛苦篇章將她的軀體推入到了大騎士級別，意志步入傳奇，再也沒有被機體污染的可能。花費了十四年的時間安排，全靈機構(gòu)中的所有統(tǒng)領(lǐng)者都被洗腦，成為某女的死忠。人類補全計劃也必然執(zhí)行。

公元2015年，一個巨大的人型生物在日本登陸。出動的聯(lián)合國軍，是一群狂妄自大的弱逼，將那生物稱作“使徒”，可見有了弒神之意。以猛烈地攻擊顯示自身的強大，但失敗的結(jié)果讓很多野心很大的人下臺了，那些被洗腦的人上位了，這背后本身就有某女的安排。

威力最大的N2炸彈，類似于無輻射的核彈，亦只能短時間內(nèi)減緩使徒的步伐。與此同時，一個名為碇真嗣子的少女接到闊別三年的不知道是父親還是母親的信，被呼喚至第三新東京市地下的NERV本部。