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朱元璋讓徐達撤離武昌，他要恢復和保持明軍在江西已經勝利的地位，則只能讓陳友諒在湖南湖北重塑他的武裝。

1362年5月，徐達收回南昌。與此同時，常遇春修復安慶城垣，安慶重新歸置于明軍控制之下，并且可以保護明軍的心臟位置——南京。

邵榮是朱元璋在最早起事時的老伙伴，他在明軍將領中身居高位，但他并非赫赫有名。邵榮從苗人手里收復處州是他近幾年來第一次獨立作戰的結果，當邵大將軍的戰功不被明軍中的大部分人承認的時候，他滋生了叛逆的情緒。

邵榮與趙繼祖發動政變，他們打算在朱元璋領明軍回朝的時候殺了他。當天他們關上城門，準備射殺朱元璋，可惜大風刮起，朱元璋的身體被城門口一面旗幟裹住，朱元璋不喜歡這個預兆，于是換了個城門進城。

潛伏在南京城中的情報人員揭發了這兩位叛將的陰謀，朱元璋征詢其他將軍的意見，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接說：“該殺。”

邵榮和趙繼祖被處死，從此明軍的高級將領都開始各抒己見，自由發表心中意見。

1363年，陳友諒集結新的艦隊卷土重來，他預備重現1360年漢軍自長江溯流而下的輝煌，可惜事與愿違，這次他被圍困南昌城三個月，并且他的水軍在鄱陽湖被全部摧毀。

1363年10月30日，陳友諒在湖口被射殺身亡，他被箭射穿了眼睛。

明漢的決戰就這樣結束了，陳友諒的幼子陳理被陳友諒余部張定邊帶走，他在逃回武昌的時候，讓陳理登上帝位。

這一仗明軍俘虜漢軍水師五萬人，最后朱元璋攜陳友諒水師艦隊和戰俘回到南京。

1364年，明漢勝負已分，張士誠接著就成了明軍的死敵。當明軍的主力部隊在長江南岸四處征討之時，張士誠心意不決，漏過了一次又一次出現的天賜良機。

等朱元璋消滅陳友諒班師回朝的時候，其他二流的武裝割據政權反應各有不同，這些人包括堅決和朱元璋做對的陳有定，四川的明玉珍愿意和明政權締結友好盟約，而方國珍則給朱元璋進貢，朱元璋在接受貢品的同時，向方國珍下發最后通牒：等明軍攻占杭州，你在規定的日子內俯首稱臣。

陳友諒死了，朱元璋致力于收復和吞并過去屬于漢政權的土地，其中包括江西和湖廣。

常遇春領兵攻下武昌，湖南湖北余下的州府聞風投降。后頭楊靖鎮守武昌，徐達和常遇春合力圍攻廬州，左君弼逃走，在安豐與擴廓帖木兒兵合一處。

1363年，朱元璋麾下一位將領不知道自己旗下有多少人馬，朱元璋因此而生氣。

次年，也就是公元1364年，朱元璋開始推行一種全新的標準的軍隊編制表，他將過去野戰軍中各翼元帥府改稱為‘衛’。‘衛’的編制為五千人，再分成一千人一組的千戶所，千戶所再拆分成百人一組的百戶所。

部隊指揮官都要放棄原有的稱呼和榮譽爵位，現在的人馬統一接受新的軍銜。朱元璋明確允許衛以下的軍銜世襲，軍戶世襲制同時也承襲了元代的兵制。

1364年明軍改制，在明軍中服役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親自帶領過的主力士兵被分派成17個衛，這個集團的老兵被準許可以完全退休。其他部隊的人則被派去南京地區搞軍屯，明軍在春天里進行休整或勞動。在此之后，朱元璋本人不再負責具體的軍事指揮工作。

長江流域的各方勢力此消彼長，北方的民兵元帥們也出現了新舊交替。元政權默許的最大的割據軍團首腦察罕帖木兒死亡，他的侄子擴廓帖木兒整合了他的勢力強勢興起。

1367年11月，朱元璋發布同時南征和北戰的指令，徐達和常遇春合作帶領二十五萬大軍去征服北方，而胡美帶軍進入福建，湯和與廖永忠帶水師沿海岸南馳，從海上進攻福建和廣東。

胡美水軍開抵福州，陳有定投降，明官軍完全拿下福建。

隨后廖永忠和朱亮祖將大部分水軍繼續南開，他們開抵廣州，為元軍鎮守廣州十余年的將領何真投降。

接著是廣西，兩個月之后，廣西全線投降。

在北方，徐達和常遇春先下濟南，后是洛陽，民兵組織擴廓帖木兒的隊伍戰敗就撤退了，但元政府軍的抵抗很頑強，元軍強勢的抵抗在這時候失去了作用，明軍勢如破竹，馮勝拿下潼關。

公元1368年，正月初四，朱元璋正式稱帝，國號‘明’。<script>chapter1();</script>