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2：his側鏈的pka接近生理ph，使其很容易作為質子供體或受體而參與酶化。

第九章：

3：hanes-wolff作圖，它以[s]/v對[s]的作圖，避免了v誤差對橫軸的影響，所以相比雙倒數法和eadie-作圖法s-wolff作圖的誤差最小。

4：不可逆性抑制使酶有效濃度下降而導致vmax的下降，但并不影響酶與底物的親和力，既不影響km，所以其動力性特征類似于非競爭性抑制。

基團特異性抑制劑能共價修飾活性中心的特定氨基酸殘基，只在乎活性中心有無能被修飾的氨基酸殘基，而不在乎活性中心的三維結構是什么，故起作用的特異性最低。

5：因為這兩種抑制劑對酶活性中心結構的特異性要求最高，即作用的選擇性最強，使用它們作為引物引起的副作用最低。

8：h越大，正協同性就越強，別構激活劑的作用使得反應系統中更多的酶變成了r態，不再需要底物的激活，因此別構激活劑的存在可導致別構酶正協同性的下降，而別構抑制劑正好相反，因此別構激活劑減少h，別構抑制劑提□□。

第十章：

4：確定靠近多肽底物結合位點的氨基酸殘基性質，看有無催化三元體的存在；測定一級結構，和已知的絲氨酸蛋白酶進行比對，考察同源性；進行一系列ph變化的動力學實驗，以確定關鍵氨基酸殘基的pka；使用絲氨酸蛋白酶特異性抑制劑和過渡態類似物抑制劑；還可以使用親和標記，化學修飾和定點突變等實驗。

6：廣義的酸堿催化，共價催化特有的陰離子穴對碳四面體過渡態的穩定。陰離子穴對碳四面體過渡態的穩定貢獻最大。

7：一個游離的cys巰基的pka為8.4，但在蛋白質分子中同樣的巰基因為所處的微環境不同而差別很大，從5到10不等。巰基蛋白酶的催化效率顯然與巰基的親核能力的強弱有關。而巰基的親核能力與其是否離子化（失去質子，解離）有關，pka越低，越容易發生解離。因此，不同的巰基蛋白酶的最適ph取決于其活性中心的巰基的pka。

至于某些巰基蛋白酶上的cys和ser取代以后仍然有活性，可能正好它的活性中心本來含有his和asp，能與引進的ser組成催化三元體。

第十一章：

1：還存在于所有生物體內的天然核酶有核糖核酸酶p和核糖體；還存在于所有真核生物體內的核酶有u6-snrna。

3：人工合成或者用體外轉錄的方法得到核糖核酸酶p中的rna，這樣可以避免蛋白質的污染，再看其有沒有催化活性。

4：根據rna世界的假說，應該首先尋找這個星球上有無rna。

第十二章：

4：理論上，親水的氨基酸殘基都能夠發生磷酸化修飾。

5：胰蛋白酶，因為其他蛋白酶是受胰蛋白酶的作用而激活的。

7：水解激活，天然過渡態類似物在分泌胰蛋白酶的細胞內防止胰蛋白酶的提前激活和serpin作為抑制蛋白對它的抑制。

第十三章：

1：乙醇脫氫酶可通過nadh在光吸收的變化來直接測定其活性；逆轉錄酶可通過測定放射性標記的dntp參入dna帶來的放射性變化來測定；蛋白質激酶則通過[γ-32p]-atp轉移到被磷酸化修飾的蛋白質的放射性變化來測定。

3：比較在非變性凝膠和sds-凝膠上電泳的結果，看條帶有無變化。

5：理論上，任何親水氨基酸都可以，因為它們的側鏈基團具有化學反應性。

思考題（p253-254）：第9，11，12，13題。

9：應該是胰蛋白酶抑制劑，因為其他兩種蛋白酶是由胰蛋白酶激活而從酶原轉變成酶的

11：輔酶與酶結合的比較牢固，難以用溫和的方法（如透析和超濾）將其分離出來，而輔酶則不然。含有腺苷的輔酶或輔基有：輔酶i，輔酶ii，fad和coa。這可作為rna世界假說的一個證據。