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其中，更加強對《論語》、《大學》、《孟子》、《中庸》四書與《禮記》、《詩經(jīng)》、《孝經(jīng)》、《資治通鑑》、《孫子兵法》、《國語》、《水經(jīng)注》、《戰(zhàn)國策》、《本草綱目》、《茶經(jīng)》、《永樂大典殘書》等經(jīng)典著作做更精更全的編著。

再者，將《禮記》、《孝經(jīng)》二個部分加以編篡發(fā)放五府十六縣，要官員、仕子與百姓們，要其尊從孝道，學習孔孟禮儀，在三者，還有美國、英國、法國、朝鮮、越南、印度以及歐洲人的一些著作也給編入，為后人提供了較完善的文獻資料。

在四者，以214個部首分類，一一列出《廣韻》、《集韻》、《韻會》、《唐韻》等韻書的音切，并注有「反切」、「直音」兩種注音、出處、及參考等，多引《尚書》、《孟子》、《莊子》、《荀子》、《世紀》、《左傳》等經(jīng)、史、子、集之書為證，書中并按韻母、聲調(diào)以及音節(jié)分類排列韻母表及其對應漢字，另外附有《字母切韻要法》和《等韻切音指南》并將康熙字典內(nèi)的缺點一一重新杜撰。

《皇輿全書》還收錄了當時在全國各地徵收的流通圖書，明、清、齊、頌、曌五朝內(nèi)廷收藏的圖書以及明《永樂大典》、清《康熙字典》、《四庫全書》中輯出來的珍本善本，徵收準則以闡明性學治法、考核典章、九流百家之言為優(yōu)先，族譜、尺牘、屏障、壽言、唱酬詩文等等則不在考慮之列，據(jù)統(tǒng)計，光是從全國各地徵收得的圖書就高達95000種。

在五者是收錄西學，煌對對西方科學書籍作出較高的評價：「歐羅巴人天文推算之密，工匠製作之巧，實逾前古，其議論夸詐遷怪，亦為異端之尤，國朝節(jié)取其技能而禁傳其學術，具存深意，應予以撰述」。

同時下旨將西方宗教與西方科學作了區(qū)分，強調(diào)「節(jié)取其技能」，《皇輿全書》的作者們明白傳教士的來華目的是為了傳播天主教，介紹西學不過是傳教的手段，因此《皇輿全書》的作者們在讚揚西學的同時指出「蓋欲借推測之有驗，以證天主堂之不誣，用意極為詭譎」。

煌在覽讀之后，下旨將西方傳教士的著述，包括西洋的數(shù)學、算學、天文、地理、儀器及機械等方面的著作，而被收錄的書籍包括有《泰西水法》、《西儒耳目資》、《坤輿圖說》、《乾坤體義》等俱應收錄于《皇輿全書》中。

這些書籍分為「著錄」、「存目」與「禁燬」三類處理，符合部分條件的，被列為「存目」，只存書名，不收其書，「抵觸本朝」之書一概「禁燬」，符合收錄條件的「著錄」，著錄書則經(jīng)過整理、校勘、考證后，按特定格式重新抄寫存入，謄寫完成后，還要與原本反覆校勘，最后收錄的圖書有六千四百六十種。

再六者，更將明、清、頌三朝的功與過按清朝之《明史》、《清史稿》、頌朝之《頌史撰》三書重新編輯，是一部紀傳體的史書，全書共八百三十二卷，計本紀八十八卷、志八十五卷、表八十卷、列傳四百二十卷，記明、清、頌三個朝代佚事，起自明太祖洪武元年，迄于頌哀宗年間，共計八百一十年。

在編纂《皇輿全書》的過程中還尋回和修復了不少早已失傳的中國古籍，其取材則唐宋間數(shù)種大類書，如《藝文類聚》、《初學記》、《太平御覽》等最多，而諸經(jīng)註疏及他書，凡可搜者無不遍。當時學者從事此業(yè)者甚多，不備舉，而馬國翰之《玉函山房輯佚書》，分經(jīng)史子三部，集所輯至數(shù)百種，他可推矣，遂使《漢志》諸書、《隋唐志》久稱已佚者，今乃累累現(xiàn)于吾輩之藏書目錄中，雖復片鱗碎羽，而受賜則既多矣，實是自清末以來最精最全之書。

《皇輿全書》為了美觀與便于識別，採用分色裝幀，經(jīng)部綠色，史部白色，子部月紅色，集部黑色，四部顏色的確定，依春夏秋冬四季而定，《全書總目》因為是全書綱領，採用代表皇帝的黃色。

此書耗時六年，截至煌羽六十年，八套書陸續(xù)完成，全書共抄七部，約十六億字，第一部存于北京垣日宮皇宮文淵閣，第二部存于東圣京宮(今瀋陽)文溯閣，第三部存于南京的大明宮文源閣，第四部存于承德避暑山莊文津閣，合稱「內(nèi)廷四閣(或稱「北四閣」)」，并只準許皇家、王公或翰林官員等閱覽，其馀三部則分別存在鎮(zhèn)江金山寺的文宗閣，揚州大觀堂的文匯閣，杭州西湖行宮孤山圣因寺的文瀾閣，即「江南三閣(或稱「南三閣」)」，各抄本一部，而為便于士子入院抄閱副本存京師翰林院，其中文淵閣本最早完成，校勘更為精闢、字體更為工整。