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遼東的戰事讓朱有孝非常高興，困難的局勢終于有所改變，現階段來說，不太用擔心遼東的局勢了，這讓朱有孝很有成感，努爾哈赤席卷東北，然后鯨吞原的事情，在自己的出現后應該不會發生了。

進入九月份，北方的玉米、紅薯、土豆都已收獲的差不多了，北方的糧食問題已經有所緩解。但是，離朱有孝希望的能夠吃飽還有所差距，現在的老百姓還是每天只吃兩頓飯，朱有孝的希望是老百姓每天要吃夠三頓飯，最好每天都能吃肉。當然了朱有孝只能想著方面努力，五年或十年大概能解決不錯了。

煩心的事總是伴隨著朱有孝，九月底還是傳來了不幸的消息，四川的奢崇明造反了。本來朱有孝覺得不再調集奢崇明入遼東作戰，他不會有借口進入重慶了，也不會有再借閱兵之際殺死巡撫徐可求和二十多名軍政人員的事情了。誰料到這奢崇明還是造反了，看來這基層的官員們確實成問題，必須要想法解決，不然的話一有風吹草動，老百姓一被忽悠起來造反可不是什么好事。尤其是將來幾年是小冰川的活躍時期，旱災、澇災持續不斷，沒有穩固的民心，大明朝危險了。

既然有動亂，那得派兵，歷史朝廷曾經調動貴州和四川各地兵馬平叛，結果反反覆覆，一直到崇禎年間才徹底消滅。

據情報顯示，這次奢崇明是悄悄的、分散的派出二萬人馬抵達重慶，趁著九月十五日重慶巡撫徐可求宴請群僚的時候，出其不意，迅速保衛巡撫衙門，結果將一班正喝到興頭的官員一打盡，并且迅速占領了武備庫，擊潰聞訊趕來的官兵。這些官兵們本來作戰不至于這么差勁，無奈群龍無首，只好做鳥獸散。

朱有孝決定這次來個牛刀殺雞，來一個大圈包圍，小圈決戰，然后分片圍剿，接下來在四川、貴州、廣西、云南這幾個行省實行改土歸流，徹底廢除土司、部落、頭人制度，凡是聽話的首領門都集到省城養起來，可以按規定收租、經營實業，或者做寓公都行，實在想在老家呆著也行，解除一切擁有的武器，不許擁有私人武裝，必須廢除所擁有的奴隸制度，所有傭人必須擁有人身自由，地租由政府統一制定，安全由政府的警察部隊負責。凡是不服從這些安排的首領做最簡單的處理——殺掉，分掉其土地、財產，直接給其奴隸和傭人。當然，這些政策可以實施，不能宣布，不然的話這些省的土司、頭人、首領一起造反，那也不是朱有孝能夠承受得了的。

歷史對奢崇明的平叛用了將近十年，主要原因一方面奢崇明實在狡猾，已有風吹草動這家伙逃掉了，另一方面是平叛的明軍人數太少，每次打的都是擊潰戰，雖然每次都勝利了，但是奢崇明都沒有傷筋動骨，都還有再戰的能力，以至于奢崇明在四川攪得亂七八糟，民不聊生。到后來張獻忠入四川，殺得四川血流成河，跟奢崇明叛亂有一定關系，叛亂的時間太長，四川的人力物力損失慘重，以至于到清朝初期才有了“湖廣填四川”的人口大遷移。

朱有孝決定這次來個一勞永逸，先設置一個大的包圍圈，這個包圍圈由孫承宗負責，調集貴州、陜南、湖廣臨近四川的幾個省的兵力，一邊進兵，一邊練兵，不要急于進攻，只是緩緩地包圍去，這在策略叫做溫水燉青蛙。為此，朱有孝從內庫撥付白銀四百萬兩，從戶部撥付白銀四百萬兩，由湖廣負責籌集糧食。湖南負責南方面湖南、貴州部隊的供給，包括所有糧食、武器等所有物資，湖北則負責北方面部隊的物資供給。朱有孝嚴令各部不許擾民，既然朝廷撥付了錢財，必須嚴格按照公平的價格買賣，凡無故擾民者必將嚴懲。

朱有孝為此召來內閣和六部尚書，現在內閣成員變化了不少，孫如游功成身退，致仕回家養老去了，朱有孝還給他加了銜，他走得很高興。方從哲則是因為東林黨御史的彈劾，為了自保也請求致仕，朱有孝在他請辭了兩次之后，也加了銜，讓他高高興興的回家養老去了。然后葉世高再次擔任了首輔，韓爌還是次輔，孫承宗則是內閣大學士兼任兵部尚書，徐光啟是內閣學士，還有劉一燝，新進的朱國楨。其他是戶部尚書朱國祚、吏部尚書周嘉謨，工部尚書宋應星、禮部尚書孫慎行、刑部尚書王紀等。

朱有孝加這些內閣、六部尚書共十二人，現在在座的算是大明朝的核心決策人，朱有孝之所以把這些人都召集過來，目的是為了不讓那些言官、清流在朝堂再胡攪亂纏，什么招撫了、招撫鎮壓并舉了等等，而這幾個人較好說服了。

當朱有孝把奢崇明反叛的事情詳細介紹完畢，首輔葉世高當先開口：“陛下，臣以為像這種不仁之臣，必殺之以儆后人，免得其他的人效仿，其罪必不可恕，只不過陛下是不是用兵太過。”

葉世高出任首輔的事情朱有孝有過考慮，用他的目的是為了推進大明朝對外的開放，此人頗熟悉西洋事宜，思想也較容易接受先進的實物，從他能夠和傳教士利瑪竇交往并結為朋友看，說明此人并不保守。其次，此人是東林黨的領袖級人物，朱有孝準備從仁義道德的制高點，用精神枷鎖套住他，讓他自己去斗東林黨的徒子徒孫，其實是挑起東林黨內斗，以便從減少自己的壓力。

次輔韓爌也表示了同樣的意思。

孫承宗說：“對待如此宵小，必須以泰山壓頂之勢，牛刀宰雞，斬草除根，免得反反覆覆。臣以為須一擊全殲，務必不能使其漏，永除后患。”

徐光啟、宋應星、周嘉謨也表達了同樣的意思。

戶部尚書朱國祚表示：“陛下，今年托陛下洪福，陜甘一帶糧食收成不錯，百姓們生活狀況去年有所好轉，如果明年繼續擴大玉米、紅薯、土豆的種植，百姓能夠吃飽飯了。如果陛下要大動干戈，希望盡量從湖廣用糧，這樣百姓不會受苦了。”

朱有孝深感此人愛民，說：“朕已決定從內庫撥付四百萬兩白銀，戶部撥付同樣數目的白銀，從湖廣地區采購糧食，從陜甘地區采購藥物，給士兵發足夠的軍餉，在平叛的的同時，促進周圍地區的經濟發展，依此解決百姓的貧困問題，這樣解決了戰爭和發展的相矛盾的事情。”