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“這幾條怎么了?”祁旻問道。
“你等會兒,我這兒正在給你發結構預測結果。”柯櫟說道,“行了……你看這幾條玩意兒,怎么長得這么奇怪呢?”
祁旻點開他新發的壓縮包,打開了其中一條序列對應的預測結果圖。這rna的確長得夠怪,其實有一部分看起來好像還挺規則,但剩下的部分簡直像是壓根兒無法形成穩定二級結構一樣。
“你這是mrna吧?”祁旻問道,“你是不是忘了除mrna了?”
“不會吧……我是用的別人trim好的數據。”柯櫟猶豫地說,“怎么除mrna?”
“你把序列map回基因組上,再把map到編碼區的部分都刪掉就行了。”祁旻說道。
“哦……”柯櫟似懂非懂地答應了一聲,又問道,“但我這個應該是已經除過mrna的數據了,rrna和trna也除過了。”
不是mrna又應該是有功能的rna,但是二級結構近乎無定形……祁旻突然想到:“你沒去內含子吧?”
真核生物存在rna的剪切,某些具有功能的rna在體內是剪切之后才能發揮作用的。這剪切之前的rna和剪切之后的rna二級結構當然會有所差異。
“你等等……”祁旻在jupyter上開了一個新py文件,導入柯櫟給她的這十幾條序列,用已有的基因mapping包把它們map到人類基因組上,果然發現其中好幾條都map到了同一位點上,只不過有的缺了這幾段兒,有點缺了那幾段兒,顯示出它們事實上是處于剪切過程不同階段的同一功能性rna的前體。
祁旻把結果發過去,柯櫟一下兒就看明白了:“哦……原來這都是前體啊。”
看來他雖然在信息學技術方面不太在行,但生物學的基礎還是有的。
“真太謝謝了……若不是你,我還真看不出來這到底哪兒出了問題。”柯櫟連忙道謝道,“對了……我這個結構預測占不了多少計算資源,用實驗室自己的主機跑代碼也一樣,要不你把我的號也拿去用吧——我老板對自己實驗室的人特大方,我們實驗室的號能優先用5%呢。”
5%這個數值聽起來不大,但對于“雨云”的總計算能力而言,這也是相當可觀了。而且對于祁旻現在正在用的35%而言,5%也是七分之一呢。
“那我就大方用了。”祁旻笑著說道,“到時候我發了science,致謝里得單給你另起一行。”
“那是,要是我這個課題發了nature,肯定也得著重感謝你啊。”柯櫟也笑道,“禮尚往來嘛。”
“要不你等我先發了science,你再發nature。”祁旻開玩笑道,“咱倆這文章發表時間稍微錯開點兒,免得媒體報道起來趕不上趟兒。”
一般人都是“學術互吹”,他們這個“學術自夸”還是挺讓人覺得新鮮。實驗室里兩個一年級新生聽到祁旻這么說,忍不住在一旁笑起來。
祁旻掛了微信通話,對正坐在自己位置上憋笑的陳林友和王馨開玩笑道:“你倆別嫉妒人家。我能不能發science先別說,你們在這實驗室好好干,要是我真發了science,那肯定帶上你倆的名字。”
“謝謝師姐!”兩個新來的博士生立刻點頭。
王馨還接著開玩笑道:“師姐你再說一遍,這我得錄下來做證明。”
“做啥證明,我能直接給你寫個條兒,一目了然。”祁旻故意說道。
這聽起來很大方,實際上仔細想想,也不過是實驗室pi發文章帶上學生的常規操作。再說,畢竟陳林友和王馨這倆也算是她這個類腦體課題組的成員了,課題發文章肯定得帶上他倆。