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就在后金撤退以后，朱由檢為了加緊部署圍剿農民軍。令洪承疇擔任河南總督負責圍剿河南起義軍又升孫傳庭為陜甘邊總督負責圍剿巴蜀起義軍，又給湖北墨舟下達命令準備執行盧象升的拉網戰略。

即洪承疇集結明軍精銳由開封南下向西運動將林云起義軍流竄到信陽一線直接與墨舟部隊南北夾擊殲滅在信陽。

陜西孫傳庭方面則發起漢中之戰繼而攻克漢中一舉配合云南沐家收復四川，為防止大西軍逃竄令墨舟留一部三萬兵力正面在湘西牽制大西軍，其余主力則從長江西岸入重慶展開圍剿，一舉堵住大西的出逃之路。

此時崇禎帝打算變法，就在各部執行對大西的戰略之際，朱由檢召見孫承宗詢問變法之事。

朱由檢打算效仿商鞅，進行商鞅變法，

改革。他決定將變法推廣到全國范圍內。變法最大的難題就是沒有一個合適的人選去執行變法。因為大明的人才都集中在陜西和湖廣，這兩地缺乏政治人才，所以變法的成功性不足百分之九十九。朱由檢也清楚這一點。所以，他打算讓孫承宗去做這件事，他相信以孫承宗的學識和才干肯定能完成這項艱巨的任務。

變法主要內容有

兩項，一個是變法，一個是制裁。制裁的內容是改革，變法則是改革。變法的主要內容包括了：第一項是改革，改革就是改變官吏的階級地位，使得階級地位提升起來，而不再是依附于商人，商人也會依賴階級地位而。第二項是改革，改革就是對階級地位進行清洗。這項工作的難度比較大，畢竟官吏的級別和品級都太高了。將商人集團直接殺絕，抄了他們的財富，抽了他們的稅。所謂官僚階級就是將官員集團徹底打壓，然后逐漸削弱官僚階層。在朱由檢看來，變法的最大阻礙其實并非階級地位。而是人才，官員階級是一個體系的基石，而人才的培養則更需要資源。所以朱由檢要將官員階級清除，同時削弱官僚階級，以減輕官僚階級的影響力。當初，朱由檢就是利用變法打壓商賈階級，同時將官吏階級清掃。這樣做的弊端是很大的，那就是官僚階層在變法中的作用太大了，這會影響到官場形勢的穩定，會使得大明朝廷出現混亂，甚至是崩潰。不過朱由檢相信以孫承宗的才華和才能，他一定可以做到。所以朱由檢在孫承宗來京城之前便下令孫承宗調集兵馬在京城駐扎防止叛亂。

4月，變法開始后，孫承宗帶兵抄了京城的商人，

將他們手上的商鋪、田產、土地等全部充公，使得京城的商人、士紳們失業了。而且他還讓他的心腹將商人的家屬、親朋好友抓走。這使得京城的商人、士紳們惶恐不已。群臣炸鍋了紛紛反對，上書說這樣會毀了大明。

朱由檢聽到上書說會毀了大明，當即怒火沖天，拍案而起道：“你們以為朕不知道，你們不就是擔心變法嗎？不就是擔心錢財會被官府侵吞，所以不希望朕變法嗎？！現在朕就告訴你們。朕要變法！朕要讓大明的百姓過上富裕的生活！朕已經下旨，將京城的商人家眷以及親戚家的田莊等土地全部征收。你們若是再敢反抗，休怪朕無情！“眾臣見朱由檢態度堅決只好閉嘴。但是眾臣也沒有放棄，繼續在朝堂上上書勸諫，“皇上，臣建議您立刻收回成命，否則這樣做會損壞大明的根基，甚至會危及皇位。““對啊！皇上，臣認為應該暫時停止變法。““皇上，臣以為不妥。““臣認為這樣做是錯誤的。“朝堂上一片吵鬧聲。朱由檢聽得煩悶異常，他冷哼了一聲，說道：“都給朕閉嘴！不想死的就給朕安靜！朕已經下旨，誰要是再敢反抗朕。就不必進宮見朕了。“朱由檢說罷就站了起來拂袖而去，大殿中頓時鴉雀無聲，眾人不敢多說一句話。孫承宗在一旁默不作聲，此時他內心非常激動，因為他看到朱由檢的決心了，這是要變法啊！孫承宗知道，變法一旦成功必將震驚天下。朱由檢走了一會兒，忽然停下腳步。轉身看著孫承宗說道：“孫愛卿，這幾天你辛苦了。“孫承宗急忙躬身說道：“微臣為陛下分憂是微臣應該做的。陛下，這幾日微臣正在整理變法的內容。相信不久后就能夠完成。“朱由檢點了點頭。孫承宗又說道：“微臣已經整理出一份變法綱要，微臣認為可以交給陛下審閱。““哦？“孫承宗拿出了一張紙遞給朱由檢。朱由檢打開一看，頓時眼睛瞪圓了，只見紙上列出了變法的諸多細節，這些細節都是朱由檢不曾注意的地方，朱由檢一邊翻看，一邊贊嘆道：“孫愛卿，你這份綱要很詳盡啊！朕都沒有看過這份綱要，沒想到孫愛卿你已經將變法的內容弄的如此透徹，真乃朕的賢臣啊！“孫承宗笑著謙虛的說道：“皇上，這都是為了大明著想，為了讓天下人過上幸福生活。這篇變法綱要可謂是一箭雙雕啊！“朱由檢哈哈大笑，連聲稱贊道：“不錯，不錯！孫愛卿，這份綱要寫的太好了。

此時緊急奏本，不好了東城發生了叛亂，報不好了天津衛反了，

失守，報不好了山東發生了暴亂......““什么？！東城發生了暴亂？！山西發生了暴亂？！“朱由檢一臉愕然，一臉驚訝的看著孫承宗。“對啊。東城發生了暴亂，這都才五天，一直都沒有消息傳來。