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李青云從浣熊市地下基地，帶出了Umbrella公司所有囤積的病毒素材，足夠自己很長時間的用度。先知先覺是自己最大的優勢，主角們現在還沒到，自己已經開始蹲守了。

在等待的時間里，李青云慢慢的配置病毒和疫苗，為將來做準備。宅在自己提前租來的實驗室中，靜靜的等待劇情的開始。

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1998年10月上旬，在歐洲傳來了有人見到艾達·王的消息，但隨后目擊看到艾達·王的證人去向不明。

10月9日，歐洲Umbrella公司下屬的席那島刑務所，所的囚犯計劃集體越獄。

10月10日，囚犯們企圖奪槍越獄。席那島司令賓賽德下令將逃犯全數槍殺。

10月11日，賓賽德將席那島囚犯越獄事件，以集體自殺的方式向Umbrella高層匯報。

10月中旬，美國中央情報局（CIA）的高層和浣熊市幸存者里，昂·斯科特·肯尼迪（Leon·Scott·Kennedy）取得聯系。

以雪莉·柏肯和里昂自己的性命做要挾，迫使里昂接受了CIA賦予的秘密任務。目前里昂暫時待在CIA工作并進行調查，但是CIA是否有其它目的并不明朗。

1998年11月初，接受好友里昂的委托，亞克潛入Umbrella公司的席那島監獄進行調查。

11月22日，賓賽德將T－yrant病毒散播到席那島街道上，并偽裝成病毒泄露的意外。

11月23日，席那島全島已經籠罩在T－yrant病毒所引起的生化危機之下，到處都是肆虐的喪尸，情況類似與浣熊市。

11月24日，亞克企圖從席那島逃離時，搭乘的直升機被Umbrella公司職員擊落，因為強烈沖擊而喪失記憶。

在亞克尋找恢復記憶的線索與逃生方法時，遇到席那島上的生化災害幸存者－－年僅十二歲的少年洛特·克萊(lott·klein)與洛特的妹妹－－莉莉·克萊(lilyklein)。

11月25日，賓賽德喚醒‘超級暴君’企圖將亞克滅口，卻反被‘超級暴君’所殺。

亞克費勁千辛萬苦，成功地將‘超級暴君’打倒。然后帶著洛特與莉莉兩人，從席那島逃出。席那島上的研究設施，也因為賓賽德啟動自爆裝置而全數毀滅，沉入海底。

席那島事件后，里昂加入反保護傘公司地下組織。不久便前往歐洲進行獨立調查，吉爾和克萊爾也各自前往歐洲尋找克里斯。

雪莉·柏肯原被政府有關機構收養，現在下落不明。不過玩過生化危機6的人都知道，她已經被德雷克·C·西蒙斯（Derek·C·Simmons）收養。

12月12日，為了尋找克里斯，而侵入Umbrella巴黎分公司的克萊爾被逮捕。

12月22日，克萊爾被送往位于南太平洋群島中，屬于Umbrella公司的洛克福德島軍事訓練所，遭到監禁。

12月27日，謎之組織H.C.F得知，阿萊克茜亞·亞希福特和維羅尼卡病毒，出現在洛克福德島。便命令阿爾伯特·威斯克出動，率領特殊部隊前往奪取。

威斯克在對洛克福德島進行轟炸過程中，造成病毒泄漏。克萊爾借機逃出監獄，并與年輕犯人史蒂夫·伯恩塞德(Steve·Burnside)相遇。

在大廳里，阿爾弗雷德·亞希福特偽裝成阿萊克茜亞的樣子襲擊克萊爾。后來，斯蒂夫為救克萊爾，忍痛射殺了變成喪尸的父親。

在阿爾弗雷德的寢室，克萊爾再一次被阿爾弗雷德襲擊，斯蒂夫幫克萊爾解了圍。阿爾弗雷德氣急敗壞，啟動了自爆裝置。

將死神漢克早先運送來的暴君釋放，命令它殺掉克萊爾。克萊爾和斯蒂夫準備搭乘飛機逃離洛克福德島，然而阿爾弗雷德卻操縱飛機飛往南極基地。

暴君隨即出現，克萊爾與斯蒂夫合力將暴君打下飛機。

這個世界并不大，烏斯懷亞又是通往南極的必經之路。所以當李青云看到從自己頭頂飛過的飛機，就知道自己等待的人已經來了。

轉身來到實驗室的后院，那里停靠著一架小型的直升飛機。可以讓李青云快速的到達，Umbrella公司在南極的研究所。

當初在浣熊市地下基地為了教導那11個大家伙，李青云也下了一番功夫，學習各種交通工具的駕駛。雖然不敢說自己多么的熟練，會多少技巧，但是足以讓他駕駛大多數的交通工具了。

所以這架租來直升飛機，李青云是可以輕松駕馭的。跟隨阿爾弗雷德的飛機，李青云確定了研究所的具體位置。將直升飛機藏在數公里外的冰山平臺上，李青云開始向研究所潛行。

來到南極基地后，斯蒂夫射傷了阿爾弗雷德。垂死之際，阿爾弗雷德喚醒了沉睡的阿萊克茜亞后死亡。

在阿爾弗雷德死亡時，李青云已經潛入了研究所。以他的身體素質和速度，躲避攝像頭是很輕松的。趁著阿萊克茜亞還沒有蘇醒，李青云開始尋找病毒資料，可以減少點麻煩。

克里斯收到里昂的信息后，為救克萊爾也前往洛克福德島，卻遇到了本以為早已死亡的威斯克。

威斯克痛恨克里斯等人，瘋狂的攻擊克里斯。但了解到阿萊克茜亞在南極基地后，丟下克里斯前往南極基地。

克里斯尾隨而至，救了克萊爾。李青云此時已經找到了阿萊克茜亞的實驗室，收集到了她的第一手試驗資料。此時的阿萊克茜亞已經開始蘇醒，并且開始在研究所里活動。

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