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里昂、克萊爾、雪莉三人，突破重重喪尸的阻礙，逃到了火車站，搭乘火車逃出了浣熊市。

另一邊，警察局的吉爾等人苦于逃脫追蹤者（Tyrant－203型）的追殺。途中，S.T.A.R.S成員布拉德·維克斯被追蹤者所殺。

生化危機系列中最印象深刻的生物武器，大名鼎鼎的追追。它不光有巨大的體型，還有被控制的執行能力，火力配備也很兇殘。這是公司鑒于暴君的不受控制，花費大量心血制造出來的新產品。

第一次投入實戰應用，就對吉爾等人的逃亡造成很大的麻煩和傷亡。

吉爾在逃亡途中，遇到了Umbrella公司派來完成特殊使命的精英小隊，生化危機特別應變部隊（U.B.C.S）成員卡洛斯·奧利維拉（Carlos·Oliveira）、隊長米克魯（Michae·Victor）、烈哥拉（Nicolaiginovaef）。

眾人開動電車逃走，追蹤者再度迫近。米克魯為救卡洛斯和吉爾，用手榴彈和追蹤者同歸于盡。但是他們小瞧了追追的生命力，手榴彈對它的傷害并沒有多強，受的傷害不足以影響它的行動。

電車出故障，在鐘樓停下。追蹤者尾隨而至，吉爾受重傷，并感染了T－yrant病毒。卡洛斯拼死奮戰，暫時擊退了追蹤者。

卡洛斯為救吉爾，前往醫院取藥。卻意外的發現烈哥拉實際是Umbrella公司的監視員，負責收集各種B.O.W的數據。

卡洛斯和吉爾了解到，明天早上將有一枚核彈將摧毀整個浣熊市。

在實驗體銷毀工廠，追蹤者再次追了上來，被兩人利用硫酸腐蝕后被處理掉。然而T－yrant病毒的生存能力也是很強的，在實驗體銷毀工廠，追蹤者變異成為巨大的爬行生物。

并且執著的襲擊著吉爾，最后吉爾用威力強大的電磁炮轟碎了追蹤者。

最終通過重重阻礙的卡洛斯和吉爾，搭乘直升機逃離了浣熊市。

另一邊和“Tyrant—002”戰斗中死亡的艾達·王，在投靠至謎之組織“H.C.F”的前S.T.A.R.S隊長阿爾伯特·威斯克的救助下復活。

威斯克想從威廉的尸體上回收G－virus病毒，沒想到威廉體內的G－virus病毒讓他有了進一步異變，使他變成了G－5形態。完全失去個體意識的威廉，對所有生物進行瘋狂攻擊。給威廉和艾達造成巨大的危機，好在變成龐然大物的G－5速度很慢。

從威廉身上取得了G－virus病毒，威斯克立刻帶著艾達逃離，身后是發瘋的G－5形態威廉。憑借兩人的速度和身手，一起在滅菌作戰前逃離了浣熊市。

1998年10月1日凌晨，美國政府為了杜絕后患，于清晨投放了一枚核彈進行滅菌作戰。

巨大的蘑菇云升起，整個浣熊市及周邊區域被夷為平地，浣熊市消失在美國的地圖版塊中。10余萬人在此次生化危機事件中死亡，史稱浣熊地區生化危機事件。

此次在浣熊市中，幸存下來的人，寥寥無幾。只有里昂、克萊爾、吉爾、卡洛斯、漢克、威斯克、艾達·王幾人，成為災難的見證者。

其中李青云，斯賓塞，威廉三人從某種意義上來說，才是浣熊市事件的源頭人物。李青云為了自己的利益借刀殺人，利用斯賓塞對生命、進化的貪婪，威廉對自己的信任和無知，設了一個大大的局。

其中威廉是失敗者，他變成了G－virus病毒制造的怪物。雖然有李青云留下的下禮物，但是最終沒有逃脫過核武器的打擊，帶著自己完美的G－virus病毒科研成果，消失在這世界上。

斯賓塞以為自己是成功者，他得到了T－yrant病毒的資料，還得到了G－virus病毒的樣本。并且利用浣熊市事件，檢測了公司多年來秘密實驗的生化武器。對于他來多可謂是一舉奪得，最后更是動用關系，發射了一枚核彈，銷毀了所有的證據。

隱藏在暗處的迷之H·C·F組織，也獲得了自己的一分收獲。剛剛投效組織的威斯克帶回了T－yrant病毒和G－virus病毒的樣本，還得到了一個優秀的女特工艾達·王，對于組織來說已經是意外收獲了。

從‘H·C·F’可以借威廉之手，復活已經死去的艾達來看，在科研角度來說，他們的實力已經超出了Umbrella公司。

相信以迷之組織的實力，有了病毒的實際樣本，逆推出病毒的相關數據和配方，只不過是時間的問題。

其實這中間獲利最大的要屬李青云，他才是最大的受益者。他帶走了浣熊市地下基地的所有研究成果的資料，還有病毒的制作材料，足夠自己也個人發展了。并且利用浣熊市事件，秘密的逃離Umbrella公司的掌控。

在這次的事件中，美國政府才是其中損失比較重的。先不說整個浣熊市消失，對經濟方面造成的打擊。單是市民全部因為核打擊死亡，對外界來說就是一個巨大的打擊，特別是美國民眾。

發生了核爆炸，政府對外界解釋的是核電站泄露，最終導致了巨大的爆炸。不過這種說法也就糊弄一下下普通民眾，各國的高層或多或少都了解到了一些真相。

最后在在Umbrella公司和迷之組織H·C·F的暗中配合下，這一事件漸漸被壓了下來。

不過浣熊市地區的所有實驗中心全部毀滅，對Umbrella公司來說也是不小的損失，特別是一些研究數據的損失，對于一個致力病毒研究的公司來說，遠比金錢方面的損失更大。

好在斯賓塞的到了G－virus病毒樣本，他有自信自己手下的研究人員，可以逆推出病毒的相關數據。但是他不知道，一個隱藏的組織已經開始嶄露頭角，并且在第一次交鋒中，就讓Umbrella公司損失很多。

沾沾自喜的斯賓塞不知道，就是因為這次浣熊市的生化事件，才使得公司一步步的走向毀滅，最終被其他勢力瓜分。

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